O IFMT Campus Confresa oferece cursos em três modalidades de ensino. Atuamos no Ensino Médio integrado a curso técnico, cursos de nível superir e cursos em nível subsequente (apenas curso técnico).
| Técnicos integrados ao Ensino Médio | Agropecuária |
| Agroindústria |
| Técnico Subsequente | Zootecnia |
| Bacharelado | Agronomia |
| Licenciaturas | Ciências da Natureza com habilitação em Química |
| Física | |
| Biologia | |
| Matemática |